갑상선기능저하증의 가장 흔한 원인은 하시모토 갑상선염이며, 그외에도 갑상선기능항진증을 치료하기 위한 수술 후, 방사성 요오드치료 후, 혹은 항갑상선제 투여 후에 일시적으로, 발생할 수 있고, 정신과 약물인 리튬, 요오드 함유약물에 의해서도 갑상선기능저하증이 발생할 수 있습니다. 물론 아급성 갑상선염이나 무통성 갑상선염에서도 일시적으로 갑상선기능저하증이 발생할 수 있습니다. 갑상선자체에 이상이 생겨서 발생하는 갑상선기능저하증을 일차성 갑상선기능저하증이라고 하는데, 여기에는 하시모토 갑상선염을 포함한 염증성 갑상선염, 갑상선을 파괴시키는 치료(수술, 방사성 요오드치료) 등이 있습니다. 또한 갑상선은 단독으로 호르몬생산을 할 수 없고, 뇌의 일부분인 뇌하수체의 지시를 받아야만 호르몬생산이 가능합니다. 만일 뇌하수체가 어떤 원인으로 파괴되면 이로 인해 갑상선의 기능까지 마비되어 갑상선기능저하증에 빠지게 됩니다. 이것을 뇌하수체성 갑상선기능저하증 혹은 이차성 갑상선기능저하증이라고 합니다.
뇌하수체 역시 혼자서는 기능을 할 수 없고, 뇌의 일부분인 시상하부의 지시를 받아야만 기능을 할 수 있습니다. 만일 시상하부가 어떤 원인으로든지 파괴되면 이로 인해 뇌하수체기능이 마비되고, 다시 갑상선의 기능까지 마비되어 갑상선기능저하증에 빠지게 됩니다. 이것을 시상하부성 갑상선기능저하증 혹은 삼차성 갑상선기능저하증이라고 합니다.
